吉林省航道管理局主要負責全省五大河流1621.06公里航道管理，依據(jù)國家和省有關航道管理的規(guī)定對違法行為進行處罰；組織實施航道建設、整治、疏浚、航標設置和維護工作；攔河、跨河、臨河建筑物的通航標準審批；負責中朝國境河流航運合作委員會例會的外事工作。負責省交通運輸廳委托的港口、碼頭規(guī)劃編制，會同有關部門劃定港區(qū)以及確定港口水域和陸域范圍；國家投資的港口基礎設施建設管理及管理港口統(tǒng)計等工作。