重慶海關是長江上游第一關，始設于1891年，歷經(jīng)晚清、民國等重要歷史時期。1890年3月中英簽訂《煙臺條約續(xù)增專條》，重慶被迫辟為通商口岸。1891年3月1日，重慶對外開埠并設關?？箲?zhàn)期間，重慶成為國民政府的陪都和當時海關總稅務司署的所在地，重慶海關也一度成為當時全國最大的海關之一，先后在成都、萬縣等地設有分關，在貴陽、遵義、內江、宜賓、涪陵等地設有支關和分卡。1950年初，政務院裁撤重慶海關。十一屆三中全會以后，為適應改革開放的需要，1980年5月，國務院批準成立正處級的中華人民共和國重慶海關，關區(qū)范圍包括四川全省總面積56萬多平方公里。1984年7月，重慶海關升格為正廳級，下設成都分關。1989年7月成都海關直屬海關總署，重慶關區(qū)除重慶市外，還轄有川東和川南共58個縣（市），關區(qū)面積23萬平方公里。1997年3月，八屆全國人大五次會議通過設立重慶直轄市的決議，同年8月1日，海關總署調整重慶關區(qū)范圍為重慶市行政區(qū)劃，面積8.24萬平方公里。經(jīng)國家批準，重慶關區(qū)設有江北機場、寸灘港2個正式對外開放口岸和中鐵聯(lián)集鐵路中心站臨時開放口岸，設有重慶兩路寸灘保稅港區(qū)和西永綜合保稅區(qū)、江津綜合保稅區(qū)3個海關特殊監(jiān)管區(qū)域。2018年3月，十三屆全國人大一次會議審議通過《國務院機構改革方案》，明確“原國家質量監(jiān)督檢驗檢疫總局的出入境檢驗檢疫管理職責和隊伍劃入海關總署”。根據(jù)海關總署對重慶海關職能配置、內設機構和人員編制的批復，目前，重慶海關機構改革工作已正式完成，現(xiàn)有正處級內設機構15個，正處級機構3個，6個派駐紀檢組和12個正處級隸屬海關單位，關員共800余人。