2013年8月，根據(jù)《中共浙江省委辦公廳浙江省人民政府辦公廳印發(fā)〈關(guān)于創(chuàng)新浙江舟山群島新區(qū)行政體制的意見〉的通知》（浙委辦發(fā)〔2013〕57號）和《中共舟山市委辦公室舟山市人民政府辦公室關(guān)于浙江舟山群島新區(qū)（舟山市）事業(yè)機(jī)構(gòu)設(shè)置與調(diào)整的通知》（舟委辦發(fā)〔2013〕58號），設(shè)立舟山市大橋建設(shè)管理局，為相當(dāng)于正縣（處）級事業(yè)單位，由市交通運(yùn)輸局管理。將六橫跨海大橋建設(shè)指揮部、市大陸連島工程指揮部職責(zé)整合到舟山市大橋建設(shè)管理局。舟山跨海大橋管理局與舟山市大橋建設(shè)管理局合署辦公。2013年10月，根據(jù)舟山市人民政府辦公室關(guān)于印發(fā)《舟山市大橋建設(shè)管理局（舟山跨海大橋管理局）主要職責(zé)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制規(guī)定》的通知（舟政辦發(fā)〔2013〕152號）和2014年1月20日舟山市機(jī)構(gòu)編制委員會《關(guān)于舟山市交通運(yùn)輸局事業(yè)單位清理規(guī)范方案的批復(fù)》（舟編[2014]18號），舟山市大橋建設(shè)管理局（舟山跨海大橋管理局）內(nèi)設(shè)辦公室、財務(wù)與審計處、技術(shù)業(yè)務(wù)處、項(xiàng)目前期處、工程綜合處、安全管理處（征遷協(xié)調(diào)處）、執(zhí)法協(xié)調(diào)處和監(jiān)控指揮處。舟山市大橋建設(shè)管理局（舟山跨海大橋管理局）主要職責(zé)是：（一）負(fù)責(zé)市級大橋建設(shè)規(guī)劃研究，對大橋建設(shè)必要性和可能性進(jìn)行分析，為新區(qū)管委會和市政府決策提供依據(jù)。（二）負(fù)責(zé)市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋項(xiàng)目建議書、可行性研究報告、相關(guān)專題研究報告等的編制和報批。（三）負(fù)責(zé)制定市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋建設(shè)總體目標(biāo)、方案，并組織實(shí)施；負(fù)責(zé)市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋工程建設(shè)管理，確保工程建設(shè)的質(zhì)量、進(jìn)度和安全，控制工程造價；組織實(shí)施項(xiàng)目招投標(biāo)工作；負(fù)責(zé)項(xiàng)目科研及新技術(shù)、新工藝、新設(shè)備、新材料在工程建設(shè)中的開發(fā)與應(yīng)用；負(fù)責(zé)工程交、竣工驗(yàn)收和項(xiàng)目后評價準(zhǔn)備工作。（四）負(fù)責(zé)市級擬建大橋和受委托大橋及代建大橋科研平臺的搭建。（五）負(fù)責(zé)縣（區(qū)）重要大橋前期和建設(shè)期的技術(shù)指導(dǎo)和服務(wù)工作。（六）受委托負(fù)責(zé)市級已運(yùn)營大橋安全和養(yǎng)護(hù)工作的綜合協(xié)調(diào)和監(jiān)管。根據(jù)《舟山跨海大橋管理暫行辦法》（舟山市人民政府第30號令），負(fù)責(zé)舟山跨海大橋的管理工作。（七）承辦新區(qū)黨工委、管委會和市委、市政府及市交通運(yùn)輸局交辦的其他事項(xiàng)。2013年11月5日，舟山市大橋建設(shè)管理局（舟山跨海大橋管理局）在雙橋舉行了掛牌儀式正式開始運(yùn)作。