福建省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳的前身是1949年8月成立的福建省人民政府實業(yè)廳。1950年10月改設(shè)福建省人民政府工業(yè)廳和福建省人民政府農(nóng)林廳。1953年3月福建省人民政府農(nóng)林廳改設(shè)福建省人民政府農(nóng)業(yè)廳和福建省人民政府林業(yè)廳。1955年3月福建省人民政府農(nóng)業(yè)廳改稱福建省農(nóng)業(yè)廳。1968年11月啟用中國人民解放軍福建省農(nóng)業(yè)廳軍事代表印章，原廳及其各處、室、局、站、公司的公章停止使用。1969年12月成立福建省革命委員會生產(chǎn)指揮部農(nóng)業(yè)局，局設(shè)領(lǐng)導(dǎo)小組，根據(jù)工作性質(zhì)下設(shè)政工組、綜合組、生產(chǎn)組、后勤組等四個組。1971年1月成立中國共產(chǎn)黨福建省革命委員會農(nóng)業(yè)局核心小組。1975年10月改稱福建省農(nóng)業(yè)局。1977年10月啟用中共福建省農(nóng)業(yè)局黨組印章。1980年7月更改為福建省農(nóng)業(yè)廳和中共福建省農(nóng)業(yè)廳黨組。經(jīng)過數(shù)輪的機構(gòu)改革，2000年8月，中共福建省委辦公廳和省人民政府辦公廳下文核定福建省農(nóng)業(yè)廳為主管農(nóng)業(yè)（含種植業(yè)、畜牧業(yè)、農(nóng)墾、鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)、農(nóng)業(yè)機械化）和有關(guān)農(nóng)村工作的省政府組成部門。 2004年5月，根據(jù)福建省委、省政府關(guān)于省政府機構(gòu)改革的實施意見（閩委[2004]8號），省農(nóng)業(yè)廳承擔(dān)的指導(dǎo)鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)管理的職能劃入省經(jīng)濟貿(mào)易委員會，同時，掛在省農(nóng)業(yè)廳的省鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)局牌子改掛在省經(jīng)濟貿(mào)易委員會。2014年2月，經(jīng)省委、省政府批準(zhǔn)，省農(nóng)業(yè)廳與中共福建省委農(nóng)村工作領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室實行一個機構(gòu)、兩塊牌子。2018年9月，經(jīng)省委批準(zhǔn)，設(shè)立中共福建省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳黨組，同年10月，組建福建省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳，省委農(nóng)村工作領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室設(shè)在省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳，加掛省扶貧開發(fā)領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室、省委實施鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室牌子，不再保留福建省農(nóng)業(yè)廳。