南水北調工程管理司主要職責：1. 協(xié)調落實南水北調工程有關重大政策和措施，參與重大技術經濟問題研究。2. 組織協(xié)調南水北調工程運行管理工作，指導開展南水北調工程運行規(guī)范化、標準化建設。3. 監(jiān)督指導南水北調工程安全運行管理，組織開展監(jiān)督檢查。4. 組織制訂南水北調工程年度水量調度計劃并指導調度實施。5. 組織協(xié)調南水北調工程竣工財務決算和審計有關工作。6. 組織協(xié)調南水北調工程驗收有關工作。7. 組織協(xié)調南水北調后續(xù)工程及東中線一期剩余工程建設管理工作。8. 督促指導地方南水北調配套工程建設。9. 承辦部領導交辦的其他事項。